Theo Quyết định số 56/QÐ/KSÐT, bà Trần Ngọc Sương đã có hành vi phạm tội "Lập quỹ trái phép" nhưng xét hoàn cảnh lịch sử xảy ra sai phạm và những tình tiết giảm nhẹ, công lao đóng góp của gia đình và cá nhân của bà Trần Ngọc Sương nên miễn truy cứu trách nhiệm hình sự theo khoản 1 Ðiều 25 của Bộ luật Hình sự.

Qua nhiều cấp xét xử, tháng 2-2011, Công an TP Cần Thơ hoàn tất kết luận điều tra lại vụ án (do Tòa hình sự TAND tối cao cho rằng cơ quan tố tụng Cần Thơ vi phạm thủ tục tố tụng) và tiếp tục chuyển cho VKSND Cần Thơ truy tố.

Sau đó, VKSND lại chuyển cho VKSND huyện Cờ Ðỏ truy tố bà Trần Ngọc Sương và các bị can khác gồm: Trương Hồng Nhung (nguyên Phó Giám đốc), Ðặng Thế Quốc Hưng (nguyên Kế toán trưởng), Nguyễn Văn Sơn (nguyên thủ quỹ) và Hoàng Thị Bình (nguyên kế toán) về tội lập quỹ trái phép với số tiền hơn 10 tỷ đồng (Báo Nhân Dân đã đưa tin).

Tháng 8-2011, Ban Thường trực Ủy ban Trung ương MTTQ Việt Nam có công văn gửi Viện trưởng VKSND tối cao và Chánh án TAND tối cao kiến nghị đình chỉ vụ án, đình chỉ điều tra đối với bà Trần Ngọc Sương và xử lý các sai phạm của bà Sương trong lĩnh vực tài chính bằng các biện pháp hành chính, dân sự.